工廠生產的硬碟必須經過低階格式化、分割區和進階格式化（文中皆簡稱為格式化）三個處理步驟後，電腦才能利用它們儲存資料。其中磁碟的低階格式化通常由生產廠商完成，目的是劃定磁碟可供使用的磁區和磁軌並標記有問題的磁區；而使用者則需要使用作業系統所提供的磁碟工具如「fdisk.exe 、format.com」等程式進行硬碟「分割」和「格式化」。
根據目前流行的作業系統來看，常用的分割格式有四種，分別是FAT16、FAT32、NTFS和Linux。
FAT16
這是MS－DOS和最早的Win 95作業系統中最常見的磁碟分割格式。它採用16位元的檔案分配表，能支援最大為2GB的分割區，是目前應用最為廣泛和獲得作業系統支援最多的一種磁碟分割格式，幾乎所有的作業系統都支援這一種格式，從DOS、 Win 95、Win 97到現在的Win 98、Windows NT、Win 2000，甚至是火爆一時的Linux都支援這種分區格式。
但是在FAT16分割區格式中，它有一個最大的缺點：磁碟利用效率低。因為在DOS和Windows系統中，磁碟檔案的分配是以叢集為單位的，一個叢集只分配給一個檔案使用，不管這個檔案佔用整個叢集容量的多少。這樣，即使一個檔案很小的話，它也要佔用了一個簇，剩餘的空間便全部閒置在那裡，形成了磁碟空間的浪費。
由於分割表容量的限制，FAT16支援的分割區越大，磁碟上每個叢集的容量也越大，造成的浪費也越大。所以為了解決這個問題，微軟公司在Win 97中推出了一種全新的磁碟分割格式FAT32。
FAT32
這種格式採用32位元的檔案分配表，使其對磁碟的管理能力大大增強，突破了FAT16對每一個分割區的容量只有2GB的限制。但在WIN2K&XP系統中，由於系統限制，單一分割區最大容量為32GB。
由於目前的硬碟生產成本下降，其容量越來越大，運用FAT32的分區格式後，我們可以將一個大硬碟定義成一個分區而不必分為幾個分區使用，大大方便了對磁碟的管理。而且，FAT32具有一個最大的優點：在一個不超過8GB的分割區中，FAT32分割區格式的每個群集容量都固定為4KB，與FAT16相比，可以大幅減少磁碟的浪費，提高磁碟利用率。
目前，支援此磁碟分割格式的作業系統有Win 97、Win 98和Win 2000。但是，這種分割區格式也有它的缺點，首先是採用FAT32格式分割區的磁碟，由於檔案分配表的擴大，運作速度比採用FAT16格式分割區的磁碟慢。
另外，由於DOS不支援這種分區格式，所以採用這種分區格式後，就無法再使用DOS系統,還有一點FAT及FAT32格式分區不支援4G以上檔案。
NTFS
它的優點是安全性和穩定性極為出色，在使用中不易產生檔案碎片。它能對使用者的操作進行記錄，透過對使用者權限進行非常嚴格的限制，使每個使用者只能按照系統賦予的權限進行操作，充分保護了系統與資料的安全。此格式採用NT核心的純32位元Windows系統才能識別，古老的DOS以及16位元32位元混編的Win95&98系統是無法辨識的。
NTFS是一個可復原的檔案系統。在NTFS分割區上使用者很少需要執行磁碟修復程式。 NTFS透過使用標準的事務處理日誌和復原技術來保證分區的一致性。 NTFS支援對分割區、資料夾和檔案的壓縮。 NTFS採用了更小的簇，可以更有效率地管理磁碟空間。
Linux
Linux是1999年最熱門的作業系統，它的磁碟分割格式與其它作業系統完全不同，共有兩種。一種是Linux Native主分割區，一種是Linux Swap交換分割區。這兩種分區格式的安全性與穩定性極佳，結合Linux作業系統後，當機的機會大大減少。但是，目前支援這一分割區格式的作業系統只有Linux。
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