第一种方式不可取，直接定义到全局，很容易造成全局变量的污染，特别是多人开发项目中，很容易造成变量的冲突，并且随着项目的不断增大，可维护性会越来越低。

第二种方式你的写法本身是有问题的，应该是

function A () {}
A.prototype.xx=function () {};
A.prototype.yy=function () {};

调用的时候需要例如这样

var globalMethods = new A();
globalMethods.xx();

整体来说比较繁琐，并且需要new一个对象，也有不必要的性能开销（我没见过这么写的）

一般的做法是定义一个对象，并且规定好命名空间（团队协作时很有用）

var YourappnameGlobalMethods = {
    xx: function () {},
    yy: function () {}
}


YourappnameGlobalMethods.xx();

当然最好是使用模块化编程

methods.js

var methods = {
    xx: function () {},
    yy: function () {}
}

module.exports = methods;

调用

var methods = require('methods.js');
methods.xx()

这样就不会污染全局作用域，命名冲突等问题了。

我觉得如果只是封装一些方法的话，可以直接放在外面，也可以挂到一个util对象上，通过命名空间来避免重名等问题，但是放在原型链上就没有必要了吧，增加了复杂度而且速度会降低，js本身就都是对象，不一定非要通过new来构造对象，对于有很多helper的情况下：

var util = {}
util.xx = function() {}
util.yy = function() {}

感觉上面这样子可能更好，也方便复用