PathAI menggunakan pembelajaran mesin untuk memacu pembangunan dadah-AI-php.cn

Penterjemah |. Zhu Xianzhong

Pengulas |. Sun Shujuan

PathAI, sebuah syarikat teknologi kecerdasan buatan patologi yang terletak di Boston, Amerika Syarikat, adalah peneraju dalam alatan teknologi kecerdasan buatan patologi (penyelidikan penyakit). dan pembekal perkhidmatan. Platform yang mereka bangunkan bertujuan untuk memanfaatkan kaedah moden dalam pembelajaran mesin, seperti pembahagian imej, rangkaian saraf graf dan pembelajaran berbilang contoh, untuk meningkatkan ketepatan diagnostik dan penilaian keberkesanan penyakit kompleks dengan ketara.

Patologi manual tradisional terdedah kepada subjektiviti dan kebolehubahan pemerhati, yang boleh memberi kesan negatif terhadap ujian diagnostik dan pembangunan ubat. Sebelum kita mendalami cara menggunakan Pytorch untuk memperbaik aliran kerja diagnostik, mari kita perkenalkan aliran kerja patologi simulasi tradisional yang tidak bergantung pada pembelajaran mesin dahulu.

Cara Biofarmaseutikal Tradisional Berfungsi

Syarikat biofarmaseutikal boleh menemui rawatan atau diagnostik baharu dalam pelbagai cara. Satu pendekatan sangat bergantung pada analisis slaid patologi untuk menjawab pelbagai soalan: Bagaimanakah laluan komunikasi sel tertentu berfungsi? Adakah keadaan penyakit tertentu dikaitkan dengan kehadiran atau ketiadaan protein tertentu? Mengapakah ubat-ubatan tertentu dalam ujian klinikal berfungsi untuk sesetengah pesakit tetapi bukan yang lain? Adakah terdapat korelasi antara hasil pesakit dan biomarker baharu? dll.

Untuk membantu menjawab soalan ini, syarikat biofarmaseutikal biasanya bergantung pada pakar patologi profesional untuk menganalisis slaid dan membantu menilai masalah yang mungkin mereka hadapi.

Seperti yang anda bayangkan, pakar patologi yang diperakui oleh lembaga pakar diperlukan untuk membuat tafsiran dan diagnosis yang tepat. Dalam satu kajian, 36 pakar patologi yang berbeza memperoleh 18 diagnosis berbeza daripada satu biopsi, dari segi keterukan daripada tiada rawatan yang diperlukan kepada rawatan yang agresif yang diperlukan. Pakar patologi juga sering mendapatkan maklum balas daripada rakan sekerja mengenai kes sempadan yang sukar. Memandangkan kerumitan masalah, mungkin sukar bagi ahli patologi untuk membuat diagnosis yang betul, walaupun dengan latihan dan kerjasama pakar. Potensi percanggahan ini mungkin disebabkan oleh perbezaan antara ubat yang diluluskan dan ubat yang gagal dalam ujian klinikal.

Cara PathAI menggunakan pembelajaran mesin untuk memacu pembangunan dadah

PathAI telah membangunkan satu siri model pembelajaran mesin yang direka untuk memberikan cerapan bagi pembangunan ubat, ujian klinikal dan diagnostik. Untuk tujuan ini, PathAI memanfaatkan rangka kerja Pytork untuk penaakulan peringkat slaid, menggunakan pelbagai kaedah termasuk rangkaian saraf graf (GNN) dan pembelajaran berbilang contoh. Dalam konteks ini, "slaid" merujuk kepada imbasan bersaiz penuh slaid kaca, iaitu sekeping kaca dengan lapisan tisu nipis di bahagian tengah yang telah diwarnakan untuk mendedahkan pelbagai pembentukan sel. PyTorch membolehkan pasukan kami menggunakan pendekatan berbeza ini untuk berkongsi rangka kerja biasa yang cukup teguh untuk berfungsi dalam semua keadaan yang kami perlukan. Selain itu, sintaks peringkat tinggi, imperatif dan pythonic PyTorch membolehkan kami membuat prototaip model dengan cepat dan kemudian melanjutkan model tersebut sebaik sahaja kami mendapat hasil yang diingini.

Pembelajaran berbilang contoh pada gigabait imej

Cabaran unik dalam menerapkan teknik pembelajaran mesin kepada patologi ialah saiz imej yang besar. Tayangan slaid digital ini biasanya mempunyai resolusi 100,000 x 100,000 piksel atau lebih tinggi dan bersaiz gigabait. Memuatkan imej lengkap dalam memori GPU dan menggunakan algoritma penglihatan komputer tradisional padanya adalah tugas yang hampir mustahil. Menganotasi imej slaid penuh (100k x 100k) juga mengambil banyak masa dan sumber, terutamanya apabila anotasi adalah pakar domain (pakar patologi yang diperakui oleh papan). Kami sering membina model untuk meramalkan label peringkat imej, seperti kehadiran atau ketiadaan kanser pada slaid pesakit yang meliputi beribu-ribu piksel merentas keseluruhan imej. Kawasan kanser kadangkala hanya sebahagian kecil daripada keseluruhan slaid, menjadikan masalah pembelajaran mesin serupa dengan mencari jarum dalam timbunan jerami. Sebaliknya, beberapa masalah, seperti ramalan biomarker histologi tertentu, memerlukan maklumat agregat daripada keseluruhan slaid, namun matlamat ini sama sukar dicapai kerana saiz imej. Kesemua faktor ini menambahkan kerumitan algoritma, pengiraan dan logik yang ketara apabila menggunakan teknik pembelajaran mesin kepada masalah patologi.

Menguraikan imej kepada tampalan yang lebih kecil, mempelajari perwakilan tampalan dan kemudian menggabungkan perwakilan ini untuk meramal label peringkat imej ialah satu cara untuk menyelesaikan masalah ini, seperti yang ditunjukkan dalam rajah di bawah. Satu kaedah yang biasa digunakan dipanggil Multiple Instance Learning (MIL). Setiap kepingan dianggap sebagai "contoh" dan sekumpulan kepingan membentuk "pakej". Perwakilan kepingan individu diagregatkan bersama untuk meramalkan label peringkat pakej akhir. Secara algoritma, contoh hirisan individu dalam beg tidak memerlukan label, oleh itu, membolehkan kami mempelajari label peringkat beg dengan cara yang diselia dengan lemah. Mereka juga menggunakan fungsi penggabungan pilihatur-invarian, membuat ramalan bebas daripada susunan kepingan dan membenarkan pengagregatan maklumat yang cekap.

Lazimnya, fungsi pengumpulan berasaskan perhatian digunakan bukan sahaja untuk mengagregat dengan cekap tetapi juga memberikan nilai perhatian untuk setiap kepingan dalam beg. Nilai ini menunjukkan kepentingan kepingan yang sepadan dalam ramalan dan boleh divisualisasikan untuk lebih memahami ramalan model. Elemen kebolehtafsiran ini penting dalam memacu penggunaan dunia sebenar model ini, dan kami menggunakan variasi seperti model MIL tambahan untuk mencapai kebolehtafsiran spatial ini. Secara pengiraan, model MIL mengelakkan masalah menggunakan rangkaian saraf pada imej bersaiz besar kerana perwakilan hirisan diperoleh secara bebas daripada saiz imej.

PathAI menggunakan pembelajaran mesin untuk memacu pembangunan dadah

Dalam PathAI, kami menggunakan model MIL tersuai berdasarkan rangkaian dalam untuk meramalkan label peringkat imej. Prosesnya digariskan di bawah:

1. Pilih kepingan daripada slaid menggunakan kaedah pensampelan yang berbeza.

2. Bina satu pek kepingan berdasarkan persampelan rawak atau peraturan heuristik.

3. Hasilkan perwakilan kepingan untuk setiap contoh berdasarkan model pra-latihan atau model pembelajaran perwakilan berskala besar.

4. Gunakan fungsi penggabungan invarian permutasi untuk mendapatkan skor tahap slaid akhir.

Kini, kami telah mempelajari beberapa butiran lanjutan tentang MIL di Pytork. Seterusnya, mari kita lihat beberapa kod dan betapa mudahnya untuk beralih daripada idea kepada kod pengeluaran dalam Pytork. Kami mulakan dengan mentakrifkan pensampel, transformasi dan set data MIL:

<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">#创建一袋采样器，从幻灯片中随机采样切片</span><br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">bag_sampler</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">RandomBagSampler</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">bag_size</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">12</span>)<br><br><span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">#设置转换</span><br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">crop_transform</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">FlipRotateCenterCrop</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">use_flips</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">True</span>)<br><br><span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">#创建为每个包加载切片的数据集</span><br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">train_dataset</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">MILDataset</span>(<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">bag_sampler</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">bag_sampler</span>,<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">samples_loader</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">sample_loader</span>,<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">transform</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">crop_transform</span>,<br>)

Salin selepas log masuk

Selepas mentakrifkan pensampel dan set data, kami perlu menentukan model yang sebenarnya dilatih menggunakan set data ini. Ini mudah dilakukan dengan menggunakan sintaks definisi model PyTorch yang biasa, yang juga membolehkan kami membuat model tersuai.

<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">classifier</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">DefaultPooledClassifier</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">hidden_dims</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span>[<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">256</span>, <span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">256</span>], <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">input_dims</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">1024</span>, <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">output_dims</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">1</span>)<br><br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">pooling</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">DefaultAttentionModule</span>(<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">input_dims</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">1024</span>,<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">hidden_dims</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span>[<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">256</span>, <span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">256</span>],<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">output_activation</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">StableSoftmax</span>()<br>)<br><br># <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">定义由特征化器、池模块和分类器组成的模型</span><br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">model</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">DefaultMILGraph</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">featurizer</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">ShuffleNetV2</span>(), <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">classifier</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">classifier</span>, <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">pooling</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">pooling</span>)

Salin selepas log masuk

Oleh kerana model ini dilatih dari hujung ke hujung, ia menyediakan cara yang berkesan untuk menukar terus daripada imej slaid penuh gigapiksel kepada label individu. Disebabkan kebolehgunaannya yang luas untuk masalah biologi yang berbeza, dua aspek pelaksanaan dan penggunaannya adalah penting:

Kawalan boleh dikonfigurasikan ke atas setiap bahagian saluran paip, termasuk pemuat data, bahagian modular model dan interaksi antara mereka.
Dapat mengulang dengan cepat melalui kitaran "pembentukan konsep-pelaksanaan-eksperimen-penghasilan".

Pytork mempunyai pelbagai kelebihan dalam pemodelan MIL. Ia menyediakan cara intuitif untuk mencipta graf pengiraan dinamik dengan aliran kawalan yang fleksibel, yang berguna untuk eksperimen penyelidikan pantas. Set data gaya pemetaan, pensampel boleh dikonfigurasikan dan pensampel kelompok membolehkan kami menyesuaikan cara kami membina pakej jubin, mendayakan percubaan yang lebih pantas. Memandangkan model MIL adalah IO intensif, keselarian data dan pemuat data pythonic menjadikan tugas itu sangat cekap dan mesra pengguna. Akhir sekali, sifat berorientasikan objek PyTorch membolehkan membina modul boleh guna semula, yang memudahkan percubaan pantas, pelaksanaan boleh diselenggara dan komponen komposisi untuk membina saluran paip yang mudah.

Meneroka struktur organisasi spatial dengan GNN dalam PyTorch

PathAI menggunakan pembelajaran mesin untuk memacu pembangunan dadah

Dalam tisu yang sihat dan berpenyakit, susunan ruang dan struktur sel selalunya sama pentingnya dengan sel itu sendiri . Semasa menilai kanser paru-paru, sebagai contoh, ahli patologi cuba melihat kumpulan dan struktur keseluruhan sel tumor (Adakah ia membentuk kepingan pepejal? Atau adakah ia berlaku dalam kelompok yang lebih kecil dan setempat?) untuk menentukan sama ada kanser itu tergolong dalam subjenis tertentu yang berbeza-beza secara meluas. Hubungan spatial antara sel dan struktur tisu lain ini boleh dimodelkan menggunakan graf untuk menangkap topologi tisu dan komposisi selular secara serentak. Rangkaian saraf graf (GNN) membenarkan pembelajaran corak spatial dalam graf ini yang berkorelasi dengan pembolehubah klinikal lain, seperti ekspresi berlebihan gen dalam kanser tertentu.

Pada akhir 2020, apabila syarikat PathAI mula menggunakan GNN pada sampel tisu, PyTorch mendapat sokongan terbaik dan paling matang untuk fungsi GNN melalui pakej PyG. Ini menjadikan PyTork pilihan semula jadi untuk pasukan kami, kerana kami tahu model GNN ialah konsep pembelajaran mesin penting yang ingin kami terokai.

Salah satu nilai tambah utama GNN dalam konteks sampel tisu ialah graf itu sendiri boleh mendedahkan hubungan spatial yang sebaliknya sukar dicari melalui pemeriksaan visual sahaja. Dalam penerbitan AACR kami baru-baru ini, kami menyatakan bahawa dengan menggunakan GNN, kami dapat memahami dengan lebih baik kesan kehadiran agregat sel imun (khususnya struktur limfoid tertier, atau TLS) dalam persekitaran mikro tumor pada hasil pesakit. Dalam kes ini, kaedah GNN digunakan untuk meramalkan ekspresi gen yang berkaitan dengan kehadiran TLS dan untuk mengenal pasti ciri histologi berkaitan TLS di luar rantau TLS. Wawasan tentang ekspresi gen ini sukar dikenal pasti daripada imej sampel tisu tanpa bantuan model ML.

Salah satu varian GNN yang paling menjanjikan yang telah kami gunakan dengan jayanya ialah pengumpulan graf perhatian kendiri. Seterusnya, mari kita lihat cara kita menggunakan PyTorch dan PyG untuk mentakrifkan model Self-Attention Graph Pooling (SAGPool):

<span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">class</span> <span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">SAGPool</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">torch</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">nn</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">Module</span>):<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">def</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">__init__</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">self</span>, <span style="color: rgb(31, 127, 154); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">...</span>):<br><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">super</span>().<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">__init__</span>()<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">self</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">conv1</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">GraphConv</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">in_features</span>, <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">hidden_features</span>, <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">aggr</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(102, 153, 0); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">'mean'</span>)<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">self</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">convs</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">torch</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">nn</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">ModuleList</span>()<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">self</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">pools</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">torch</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">nn</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">ModuleList</span>()<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">self</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">convs</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">extend</span>([<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">GraphConv</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">hidden_features</span>, <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">hidden_features</span>, <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">aggr</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(102, 153, 0); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">'mean'</span>) <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">for</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">i</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">in</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">range</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">num_layers</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">-</span> <span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">1</span>)])<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">self</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">pools</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">extend</span>([<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">SAGPooling</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">hidden_features</span>, <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">ratio</span>, <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">GNN</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">GraphConv</span>, <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">min_score</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">min_score</span>) <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">for</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">i</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">in</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">range</span>((<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">num_layers</span>) <span style="color: rgb(106, 115, 125); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">// 2)])</span><br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">self</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">jump</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">JumpingKnowledge</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">mode</span><span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span><span style="color: rgb(102, 153, 0); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">'cat'</span>)<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">self</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">lin1</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">Linear</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">num_layers</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">*</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">hidden_features</span>, <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">hidden_features</span>)<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">self</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">lin2</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">Linear</span>(<span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">hidden_features</span>, <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">out_features</span>)<br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">self</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">out_activation</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">out_activation</span><br><span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">self</span>.<span style="color: rgb(0, 92, 197); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">dropout</span> <span style="color: rgb(215, 58, 73); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">=</span> <span style="color: rgb(89, 89, 89); margin: 0px; padding: 0px; background: none 0% 0% / auto repeat scroll padding-box border-box rgba(0, 0, 0, 0);">dropout</span>

Salin selepas log masuk

在上面的代码中，我们首先定义一个卷积图层，然后添加两个模块列表层，允许我们传入可变数量的层。然后，我们获取空模块列表，并附加可变数量的GraphConv层，后跟可变数量的SAGPooling层。然后，我们通过添加JumpingKnowledge层、两个线性层、激活函数和退出值来完成SAGPool定义。PyTorch直观的语法使我们能够抽象出使用最先进方法（如SAG池）的复杂性，同时保持我们熟悉的通用模型开发方法。

像我们上面描述的使用一个SAG池这样的模型只是GNN与PyTorch如何允许我们探索新想法的一个例子。我们最近还探索了多模式CNN-GNN混合模型，其结果比传统病理学家共识分数高20%。这些创新以及传统CNN和GNN之间的相互作用，再次得益于从研究到生产的短期模型开发循环。

改善患者预后

总而言之，为了实现我们使用人工智能驱动的病理学改善患者预后的使命，PathAI需要借助于ML开发框架，该框架：（1）在开发和探索的初始阶段促进快速迭代和轻松扩展（即模型配置为代码）（2）将模型训练和推理扩展到海量图像（3）轻松可靠地为我们产品的生产使用（在临床试验及以后）提供模型。

正如我们在本文中所展示的，PyTorch为我们提供了所有上述功能以及更多功能支持。我们对PyTorch框架的未来感到无比兴奋，甚至迫不及待地想看到我们可以使用该框架解决哪些其他有影响力的挑战。

译者介绍

朱先忠，51CTO社区编辑，51CTO专家博客、讲师，潍坊一所高校计算机教师，自由编程界老兵一枚。早期专注各种微软技术（编著成ASP.NET AJX、Cocos 2d-X相关三本技术图书），近十多年投身于开源世界（熟悉流行全栈Web开发技术），了解基于OneNet/AliOS+Arduino/ESP32/树莓派等物联网开发技术与Scala+Hadoop+Spark+Flink等大数据开发技术。

原文标题：Case Study: PathAI Uses PyTorch to Improve Patient Outcomes with AI-powered Pathology，作者：Logan Kilpatrick, Harshith Padigela, Syed Ashar Javed, Robert Egger

Atas ialah kandungan terperinci PathAI menggunakan pembelajaran mesin untuk memacu pembangunan dadah. Untuk maklumat lanjut, sila ikut artikel berkaitan lain di laman web China PHP!