ovito有linux系统下的安装包。OVITO是一个针对原子和粒子模拟数据的科学可视化和分析软件,该程序在开源许可下可在所有主要平台免费使用,即支持Windows、Linux、macOS等主要平台。linux下安装ovito的方法:1、在官网下载linux版本的压缩包;2、使用tar命令解压缩;3、使用export命令设置环境变量即可。
本教程操作环境:linux7.3系统、Dell G3电脑。
OVITO是一个针对原子和粒子模拟数据的科学可视化和分析软件。它帮助科学家更好地了解材料现象和物理过程。该程序在开源许可下可在所有主要平台(Windows、Linux、macOS等)免费使用。作为分析、理解和说明仿真结果的有力工具,它已在越来越多的计算仿真研究中发挥作用。
ovito有linux系统下的安装包。官网下载https://www.ovito.org/
linux下安装ovito
1、在官网下载linux版本的压缩包
2、解压缩即可
tar zxvf ovito-2.9.0-x86_64.tar.gz cd ovito-2.9.0-x86_64
3、设置环境变量
export OVITO_HOME=/path/to/ovito-2.9.0-x86_64 export PATH=$OVITO_HOME/bin:$PATH
请把 /path/to/ovito-2.9.0-x86_64 改为解压缩后的实际路径。
在命令行输入
which ovito
如果反馈了 ovito 所在路径即设置完成,我们尝试运行它。
ovito
如果程序启动失败并显示错误消息 ovito:/usr/lib64/libstdc++.so.6 : 版本CXXABI_1.3.8 未找到 ,请下载此版本的 libstdc++ 。所以并复制两个 .so 文件 OVITO安装的 lib/ovito/ 子目录。它们是必需的,因为系统上现有的 libstdc++ 版本与OVITO二进制文件不兼容。
然后拷贝到对应目录
export OVITO_HOME=/path/to/ovito-2.9.0-x86_64 cp libstdc++.so.6 $OVITO_HOME/lib/ovito cp libstdc++.so.6.0.21 $OVITO_HOME/lib/ovito
我们再次运行命令
ovito
如果成功打开界面,说明成功运行。
如果是linux环境对图形界面支持的不好,我们可以用 ovitos 命令进行命令行方式进行图像处理。
报错:缺少nivida的库
在计算节点运行 ovitos 命令时,提示缺少libnvidia-tls.so和libnvidia-glcore.so库。
这个库存在于nvidia的驱动库中,我们从官网下载:传送门 (opens new window)。依次选择:Linux - x86_64 - RHEL - 6 - rpm(local) ,下载 cuda-repo-rhel6-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm 压缩包。
然后解压缩rpm包并找到这两个库
rpm2cpio cuda-repo-rhel6-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm | cpio -div cd var/cuda-repo-7-5-local rpm2cpio xorg-x11-drv-nvidia-libs-352.39-1.el6.x86_64.rpm | cpio -div rpm2cpio xorg-x11-drv-nvidia-gl-352.39-1.el6.x86_64.rpm | cpio -div cd usr/lib64/nvidia
我们就可以找到它们了,然后将这两个库拷贝到合适的位置,并添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量中:
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/nvidia-lib:$LD_LIBRARY_PATH
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