我找到答案了，JPA的persist是调用Hibernate Session的persist方法进行持久化，persist会在事务提交或者有必要刷新缓存时才提交insert语句。
然而JPA的createNativeQuery就是直接调用本地数据库SQL语句，这个操作在Hibernate中是不算进事务中的。
所以persist的对象未被提交，后面执行的createNativeQuery方法，将不会看到前面要持久化的对象。

参考:

Le framework TestContext aborde ce problème. Par défaut, le cadre créera et annulera une transaction pour chaque test. Vous écrivez simplement du code qui peut assumer l'existence d'une transaction. Si vous appelez des objets proxés transactionnels dans vos tests, ils se comporteront correctement, selon leur sémantique transactionnelle. En outre, si les méthodes de test suppriment le contenu des tables sélectionnées lors de l'exécution d'une transaction, la transaction sera retournée par défaut et la base de données reviendra à son état avant l'exécution du test. Un support transactionnel est fourni à votre classe de test via un haricot de plate-forme de PlateformeTransactionManager défini dans le contexte d'application du test.

Si vous souhaitez qu'une transaction s'engage - inhabituelle, mais parfois utile lorsque vous voulez qu'un test particulier remplisse ou modifie la base de données - le cadre TestContext peut être informé de provoquer la validation de la transaction au lieu de revenir via le @transactionConfiguration et @Rollback annotations.