Ce problème est très étrange, il se comporte différemment sur les conteneurs normaux et les flexbox.

Modifiez la taille de la police du premier élément enfant :

• Pour les conteneurs ordinaires, pourquoi la hauteur du conteneur change-t-elle ?
• Pour la boîte à élastiques, pourquoi cela fait-il descendre ou monter la boîte à élastiques à une certaine distance ?

Comment puis-je résoudre ce problème ? Je veux que la flexbox ne bouge pas.

Soi-disant, cela ne se produit que lors de la modification de la taille de la police du premier élément enfant. Changer la taille de la police du deuxième élément enfant n'est pas important... pourquoi ?

* {
  margin: 0;
  padding: 0;
  box-sizing: border-box;
}

body {
  background: #121212;
  color: #fff;
  font-size: 20px;
}

.container {
  line-height: 48px;
  font-size: 36px;
  border: 1px solid #f90;
}

.first {
  color: #ffe47e;
  animation: change1 3s linear infinite;
}

@keyframes change1 {
  0%,
  100% {
    font-size: 0.1em;
  }
  50% {
    font-size: 1em;
  }
}

@keyframes change2 {
  0%,
  100% {
    font-size: 0.1em;
  }
  50% {
    font-size: 2em;
  }
}

.c2 {
  display: inline-flex;
  column-gap: 5px;
}

.c2 .first {
  font-size: 0.5em;
  animation: change2 3s linear infinite;
} 

.c3 .first {
  font-size: 0.5em;
  animation: none;
}

<div style="margin-bottom: 50px;">
  <div class="container c2 c3">
    <span class="first">first</span>
    Second
  </div>
  
  <div class="container c2 c3">
    Second
    <span class="first">This doesn't matter</span>
  </div>
  
  (flexbox) How to make the first flex container align with the second one?
</div>

<div style="margin-bottom: 50px;">
  (flexbox) Animation illustration
  
  <div class="container c2">
    <span class="first">first</span>
    Second
  </div>
  
  <div class="container c2">
    Second
    <span class="first">This doesn't matter</span>
  </div>
</div>

(normal container) Animation illustration - Why is height changing?

<div class="container">
  <span class="first">first</span>
  Second
</div>