你return instance 的时候，返回的是上面那个 Universe() 作用域内的this,所以可以获取到 this.bang

Universe = function () {
    alert(1)
    // 这里返回的this 是当前这个 function作用域内的 this。没有任何属性
    return instance;
};

第一次运行，返回了重写前的构造函数的实例————这种事普通的构造函数，只是函数内部重写了Universe，并且形成了一个闭包

第二次运行，如果返回instance，就跟调用普通函数一样（这种方式类似于稳妥构造函数模式）。
如果返回this，则就是又调用了一次普通的构造函数，返回一个{}，其没有任何实例属性。

不知道题主知道原因没有，小白试着理解一波...
首先，是var uni = new Universe();这一步先是用instance保存了Universe这个函数的this指向，instance一直留在内存里面，重写构造函数的时候不会执行alert(1)。这个重写相当于重新给一个已经声明了的变量赋值嘛，平时写完

first：var a = function(){
    //do sth
};
second：a = function(){
    alert('sth');
};

也不会alert出东西吧。
接着是var uni2 = new Universe();这个时候new的直接就是重写部分

function Universe () {
    alert(1)
    return instance;
};

了，1也就因为Universe被new，如UKer所说“跟调用普通函数一样”alert出来了，然后接下来无论var uni[3456] = new Universe(); 1 也都会alert出来。

而第二个问题，把instance改成this，uni还可以拿到指向原Universe的this，uni2因为重写之后this并不是指向原Universe，指向的是重写后的空的Universe {}。所以uni === uni2 //false。你uni.bang = "123";是给原Universe.bang赋值，而uni2里面啥都没有，所以无论uni2.start_time还是uni2.bang都是undefined 。

表达能力一般，希望题主看完能理解~O(∩_∩)O~

为什么没人去质疑题主写的单例模式很奇怪呢？

要是我希望内存只有一份数据，这样不是更简单吗？

var Universe = {
    start_time: 0,
    bang: 'Big'
};

如果你觉得不够用，要加几个动作，可以这样：

var Universe = {
    start_time: 0,
    bang: 'Big',
    doing: function() {}
};

假如你认为需要一些内部私有变量，可以写个标准的闭包。

var Universe = (function() {

    var _name;

    function _getName() {

    }

    return {
        start_time: 0,
        bang: 'Big',
        doing: function() {},
        getName: _getName
    };

})();

优雅的语言，别整复杂了。