我在github上建一个名为vimfiles的repository，将 ~/.vim 内的东西push上去，使用pathogen来管理插件
添加两个submodule
git submodule add git@github.com:kien/ctrlp.vim.git bundle/ctrlp
git submodule add git@github.com:Shougo/neocomplcache.git bundle/neocomplcache
这样就添加了两个插件，然后可以使用git submodule foreach git pull origin master更新插件
但是，submodule在github上只是一个指向原repository的一个引用，如图
如果我修改了插件的几行代码，vimfiles这个仓库如何记录我的修改？
或者说，能否让vimfiles这个repository记录的不是插件原repository的指向，而是实实在在的代码？
分割线想到两种解决方法，但并不知道是否最佳做法。
其一，fork了别人插件的代码后，在fork了后的repository上对代码进行修改
然后git submodule add (新的repository) bundle/xxxx，但是如果只是改几行代码fork一个项目这个做法是否合理。
其二，不使用git submodule的方法，在bundle目录下git clone插件的代码，并去掉插件目录的.git文件夹，即去除插件的版本控制。这样就可以在vimfiles这个repository中实实在在地保存插件的代码，而缺点就是插件的更新很麻烦。
是否有更佳的方法，望告知，谢谢。
不建议你修改插件。
你可以去new issue, 把你的需求跟作者说，然后等到他的实现。如果你自己改的话，要么自己fork另起炉灶，要么直接copy代码文件（个人感觉这是很愚蠢的做法）。
你问题中写道，只修改了几行代码，所以你可以考虑在你的vimrc通过追加代码来覆盖掉插件作者的那个部分（那几行）。比如，你修改一个插件中的function,那你直接在你的vimrc中追加了覆盖掉这个函数不久行了。或者更为分离点，你新建一个repo,只负责记录你的修改的部分，然后source进你的vimrc即可。