使用CommonJS形式的话可以直接导出一个模块：
module.exports = {};如果使用rollup的话等同于如下：
export default {};它会转换为如下代码
'use strict';
var main = {};
module.exports = main;但是babel会转化为：
"use strict";
Object.defineProperty(exports, "__esModule", {
value: true
});
exports.default = {};export default导出的对象变成了模块的一个default属性，而不是整个模块。
那么如果使用babel编译的话，要使得export default导出的是整个模块该怎么做？
在 babel 5 时代，
export default {};除了会被转译成exports.default = {};，还会加一句module.exports = exports.default，这样就是楼主想要的整个模块，但在 babel6 时代做了一个区分，后面这句不再添加。这是为什么呢？在我看来，主要是为了区分 commonJS 和 es6 的模块定义，也就是 commonJS的require和module.exports搭配使用，而import则是和export搭配使用，因为在 babel 中，虽然是输出到exports.default上，但import也会对应的默认去拿 default 下的模块，相当于require(xxx)['default']。如果楼主非想要回到 babel5 时候的表现的话，babel6 有一个 plugin 可以做到。https://www.npmjs.com/package/babel-plugin-add-module-exports编译成什么不重要，重要的是，它们在各自的环境下都是可用的。这对你来说就足够了。
理论上，
es6的模块是静态模块，和CommonJS的模块含义有很大不同，你给的代码大致都说得通。不必强求为什么两个库实现不一样(又不是一个人写的，目标也不同，干嘛非得一样)，语法就是语法，至于解释权rollup和babel都有自己解释的权利(你管不着)。如果想了解更多这两个模块规范的不同，看这里
export default {
}
不知道是不是你想要的
你说的是实现细节。
在实际使用上，如果 rollup 和 bebel 遵从相同的规范，那么它们的效果也是一样的。
没有必要强求实现细节也一样吧（毫无意义）