你的代码里面问题太多了

        
String str="片仔癀（<span label=\"粉色背景\" >603567</span>.SH）、"+
        "天士力（<span label=\"绿色背景\" >600535</span>.SH）、"+
        "片仔癀（<span label=\"粉色背景\" >603567</span>.SH）"+
        "和昆药集团（<span label=\"金色背景\" >600422</span>.SH）等。";

String patternStr="(<span\s+label=\\".色背景\\"\s*>)(\d+)";
Pattern pattern = Pattern.compile(patternStr);
Matcher matcher = pattern.matcher(str);
String strResult=str;
int i=0;
while (matcher.find()) {
    i++;
    String replaceTo=matcher.group(1)+
            "<a link=\"http://#link?index="+i
            +"\">"+matcher.group(2)+"</a>";
    strResult=strResult.replaceFirst(patternStr, replaceTo);
}

System.out.println(strResult);

        
        /*    输出：
片仔癀（<span label="粉色背景" ><a link="http://#link?index=1">603567</a></span>.SH）、天士力（<span label="绿色背景" ><a link="http://#link?index=2">600535</a></span>.SH）、片仔癀（<span label="粉色背景" ><a link="http://#link?
index=3">603567</a></span>.SH）和昆药集团（<span label="金色背景" ><a link="http://#link?index=4">600422</a></span>.SH）等。
         * */
        
        

还有 a 标签是不是没有结束啊

参考这个：
https://stackoverflow.com/que...

试着把replaceAll换成replaceFirst，每次只替换第一个，然后累加i。

a标签里面"改成',试试