一般情況下並不需要什麼特別的操作來進行刪除操作。 MongoDB使用的Btree也是自平衡的不用去重建，除了3.0.7及更早版本有一個bug SERVER-21063會影響btree的平衡外並沒有聽說有什麼特別需要注意的地方。
從6G成長到9G這個情況從未聽過。可以看一下從結點的情況是否也是這樣。如有可能，為了驗證目的，可以刪除一個從結點上的索引重新建立看大小是否有不同。
編輯：在嘗試之前可以試試compact看是否有用。注意對實例的影響，最好拆一個secondary下來單獨測試。

這個在文件中說明了，刪除資料的時候並不會刪除索引，即使整個集合你全部刪除了都不會刪除索引。所以這個時候，我建議你進行重建索引。