找到了出問題的地方，在第一次給專案建立解決方案的時候，生成的.sln檔案和專案檔本身不在同一個目錄，專案檔放在了/github/workfolder下，而產生的.sln檔案被預設產生到了/visual studio 2013/projects下，所以在用vs建立git的時候會提示部分檔案不在目錄中，後續更新的時候只給/projects目錄建立了git，更新上去的檔案只有.sln文件。後來我透過刪除了/projects目錄下的repository和解決方案，重新給/workfolder下的專案建立了解決方案並放在了一起，之後VS就直接自動識別了同目錄下的git並能推送同步。總之問題就出在了容易被忽略的.sln檔。
找到了出問題的地方，在第一次給專案建立解決方案的時候，生成的.sln檔案和專案檔本身不在同一個目錄，專案檔放在了/github/workfolder下，而產生的.sln檔案被預設產生到了/visual studio 2013/projects下，所以在用vs建立git的時候會提示部分檔案不在目錄中，後續更新的時候只給/projects目錄建立了git，更新上去的檔案只有.sln文件。後來我透過刪除了/projects目錄下的repository和解決方案，重新給/workfolder下的專案建立了解決方案並放在了一起，之後VS就直接自動識別了同目錄下的git並能推送同步。總之問題就出在了容易被忽略的.sln檔。