我來給個可靠的答案吧，採納答案也沒有錯只不過不太切題，既沒有針對特定文件操作，也沒有使用 IDE。

由於我沒有 PHP Storm，所以用它的大哥 IntelliJ IDEA 來舉例。

其實你沒有必要刪除本地文件再去獲取最新版本，你要做的是：“通過歷史記錄更新指定文件的任意版本”，這其中當然也包括最新版本。那麼有一個前提是你已經取得了最新的歷史記錄，也就是git fetch，對應的 IDE 操作是：

接著我們來看如何對指定檔案進行版本更新。

第一步，查看目標檔案歷史記錄

第二步，找到你要的版本（無論是新版本還是舊版本都一樣）

另外，在此時你可以對文件內容進行比對，有助於精確定位你要的版本，如下圖（右鍵選單裡有 Compare...）

最後，使用 Get 選單項目取得指定版本，其對應的指令為git checkout

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如上所述，IDE 裡的整合操作還是很方便的，勝過命令列的方面就是圖形化指示相當清晰。但是——命令列更快，更靈活，只要你腦子夠清楚，還是命令列的效率更高一籌。

其實若流程順暢，一半是較少針對特定文件去取得特定版本的。多數情況下我們都是git pull-> 工作-> commit -> 工作-> commit ... ->git pull(maybe 解決衝突) ->git push，每次你git pull的時候，等於拿到了所有檔案的最新版本（等價於git pull-> 干活 -> commit -> 干活 -> commit ... ->git pull(maybe 解决冲突) ->git push，每一次你git pull的时候，都等于拿到了所有文件的最新版本（等价于git fetch+git merge/rebase+git merge/rebase），所以上述操作往往都是為了回退版本而不是拿到最新版本，除非你就是不要所有版本都更新，那麼我這個答案就是你需要的。

你說的提交指的commit還是push？
如果只刪除某個檔案的話，直接刪除就好了，
如果是回退commit，則用revert到要更新前的版本，然後再pull就可以

跟PhpStorm沒啥關係，就是git基礎操作。
本地刪掉a文件，再把遠端的pull下來。

刪a.js
rm -rf a.js
更新本地
git add .git add .
git commit -m "deleted a.js"git commit -m "deleted a.js"
合併遠端
git fetchgit fetch
git checkout origin/master a.jsgit checkout origin/master a.js

origin是遠端名稱
master是遠端分支

其實不用woody的那麼複雜吧？ ？
直接git checkout a.js就可以了