該問題已經解決，使用的是最新驅動mongo-java-driver-3.4.0，透過下面的方法可以在分片集群模式下，準確的統計到記錄數量，感謝大家的相助！

mongo shell >> db.collection.aggregate([{$match:{categories:"Bakery"},{$group:{"_id":null,"count":{$sum:1}}}}])

    public long getCount() {
                String user = "用户名";
                String database = "admin";
                String password = "密码";
                MongoCredential credential = MongoCredential.createCredential(user,database, password.toCharArray());
        
                MongoClientOptions options = MongoClientOptions.builder()
                        .connectionsPerHost(10)
                        .threadsAllowedToBlockForConnectionMultiplier(10)
                        .socketTimeout(20000)
                        .connectTimeout(15000)
                        .maxWaitTime(50000)
                        .build();
        
                MongoClient mongoClient = new MongoClient(new ServerAddress("IP地址", "端口"), Arrays.asList(credential), options);
        
                MongoDatabase mongoDatabase = mongoClient.getDatabase("数据库");
                MongoCollection<Document> collection = mongoDatabase.getCollection("数据表");
        
                final long[] count = new long[1];
                Block<Document> printBlock = new Block<Document>() {
                    @Override
                    public void apply(final Document document) {
                         count[0] = (long) document.get("count");
                    }
                };
                Bson bson = Filters.eq("categories", "Bakery");
                collection.aggregate(
                        Arrays.asList(
                                Aggregates.match(bson),
                                Aggregates.group(null, Accumulators.sum
                                        ("count", 1L))
                        )
                ).forEach(printBlock);
        
                return count[0];
}

能否補充一些評論中的資訊。多謝！

將評論的內容轉發在這裡，方便查看：

1、count和aggregate的不同：在mongoDB中，count和aggregate是在兩個不同的程式中實現的，aggregate的實現是考慮到了shard的環境的，所以官方文檔是推薦使用aggregate來進行shard環境下的count。

2、MongoDB shell下使用aggregate和使用Java MongoDB驅動程式使用aggregate來進行count，結果應該是一樣的，因為兩者都是使用的aggregate。

您提到Issue大概是MongoDB shell和Java MongoDB驅動程式進行count的結果不一致。

這種不一致，我覺得可能是：

1）比较的过程有没有纰漏；
2）所用的Java MongoDB驱动是否有纰漏。

供參考。

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