self.automaticallyAdjustsScrollViewInsets = YES;

更改这个UIViewController的属性试试，不行的话就直接改contentInset

给你的tableView的content加一个上边距就行了，

tableView.contentInset = UIEdgeInsetsMake(64, 0, 0, 0);

碰到了和楼主一样的问题， iOS8上正常，iOS9上就出现了这个问题， 最奇葩的是当挂到后台然后再打开时又恢复正常了，我都怀疑是不是iOS9的bug
楼主解决没.

打印那个toViewController的frame，size是不是600*600，我上次好像就是这样子，重新设定他的frame为当前屏幕的尺寸就行了

楼主有没有解决这个问题，好像是自定义转场动画会使得self.edgesForExtendedLayout = UIRectEdgeNone失效，但使用系统的就不会。我的项目都使用了UIRectEdgeNone，想要加转场动画找不到解决方案啊。