discuz論壇的插件大概原理可以作為參考，說說我所知道的，有沒有用樓主可以自己判斷下

1. 首先保證插件相關文件都存儲在固定的插件目錄下形成規範，這個可以解決你所提到的插件下載以及存儲、部署等問題，至於插件打包的格式，這個樓主可以慢慢研究，zip, jar,war都可以，只要可以解壓縮到對應的插件目錄即可

2. 可以針對插件進行一個分類，例如獨立運行的插件、程式擴充插件、腳本等，然後針對性實現插件的機制，例如獨立的運行的插件只要在某些地方進行連結插入即可，如果是程式擴充插件，那麼可能需要統一插件呼叫函數或其他機制

3. 如果做的完善一些擴展性好一些，還可以要求或讓插件繼承一些你的類，方便插件編寫

試著回答下樓主的1，2，3點問題：

1. 插件調用有兩種方式，1：預先分佈到系統各個位置一些鉤子運行的程序，指定插件可以在對應的地方調用2：插件安裝好以後修改基礎程序調用鉤子，這個和應用的操作方式有關，如果是開源的可能要實現複雜的插件呼叫邏輯，如果是內部用，可以簡單一些，直接修改程式呼叫插件，這個可以考慮下實際情況

2.插件只能呼叫使用者資訊吧，如果真的讓插件可以修改或考慮安全性，那麼可以考慮開發有一個插件權限審核功能，讓插件開發的時候向系統發起的權限申請，然後系統來進行審核，或系統主動派權限，貌似也和實際情況有關

3.系統升級插件不相容的部分提示修改，插件升級的話直接更新下載覆蓋插件目錄

Java透過URLClassLoader讓程式支援外掛程式擴充：
http://xxgblog.com/2013/07/04/java-urlclassloader-plugin/

這是我很久以前寫的一篇博客，透過定義插件介面加上反射載入插件jar包，實現和你所描述的需求非常相似，不知道能不能幫到你。

JAVA WEB外掛開發一般使用OSGi技術，這方面JXADF開源、免費，做得相當優秀，詳細參考：http://osgia.com