苹果的in-house app企业分发就是针对企业内部测试用（电话确认的时候也是确认你是公司内部测试用），要面向所有人就得过app store这关，所以才导致得两个id一个上app store一个做企业分发。
要两种渠道的app升级相互覆盖苹果肯定是不会让你这么做的。。。比较好的方式只能是选用其中一种了

一般的说法是企业证书里使用通配符即可。