使用者上傳的檔案確實可能出現各種編碼的情況，完美的解決方法不敢保證，但可以基於統計學原理的，最大限度的提供文件編碼的偵測。

我使用過這個 cpdetector 基本上可以解決我的需要。

附上程式碼範例：

/**
 * 获取URL的编码
 * 
 * @param url
 * @return
 */
public static String getUrlEncode(URL url) {
    /*
     * detector是探测器，它把探测任务交给具体的探测实现类的实例完成。
     * cpDetector内置了一些常用的探测实现类，这些探测实现类的实例可以通过add方法 加进来，如ParsingDetector、
     * JChardetFacade、ASCIIDetector、UnicodeDetector。
     * detector按照“谁最先返回非空的探测结果，就以该结果为准”的原则返回探测到的
     * 字符集编码。使用需要用到三个第三方JAR包：antlr.jar、chardet.jar和cpdetector.jar
     * cpDetector是基于统计学原理的，不保证完全正确。
     */
    CodepageDetectorProxy detector = CodepageDetectorProxy.getInstance();
    /*
     * ParsingDetector可用于检查HTML、XML等文件或字符流的编码,构造方法中的参数用于
     * 指示是否显示探测过程的详细信息，为false不显示。
     */
    detector.add(new ParsingDetector(false));
    detector.add(new ByteOrderMarkDetector());
    /*
     * JChardetFacade封装了由Mozilla组织提供的JChardet，它可以完成大多数文件的编码
     * 测定。所以，一般有了这个探测器就可满足大多数项目的要求，如果你还不放心，可以
     * 再多加几个探测器，比如下面的ASCIIDetector、UnicodeDetector等。
     * 
     * 用到antlr.jar、chardet.jar
     */
    detector.add(JChardetFacade.getInstance());
    // ASCIIDetector用于ASCII编码测定
    detector.add(ASCIIDetector.getInstance());
    // UnicodeDetector用于Unicode家族编码的测定
    detector.add(UnicodeDetector.getInstance());


    java.nio.charset.Charset charset = null;
    try {
        charset = detector.detectCodepage(url);
    } catch (Exception ex) {
        ex.printStackTrace();
    }
    if (charset != null) {
        return charset.name();
    }
    return null;
}

public static void main(String[] args) {
    try {
        URL url = new URL("http://www.baidu.com");
        String encode = getUrlEncode(url);
        System.out.println(encode);// UTF-8
    } catch (MalformedURLException e) {
        e.printStackTrace();
    }
}

就不給你寫文件的方法了，File有取得URL的方法的。

我使用的時候導入了這幾個jar。

cpdetector_1.0.10.jar,antlr-2.7.4.jar,chardet-1.0.jar

找不到的話，可以留下信箱，可以寄你。

使用InputStreamReader，可以指定編碼。

暫時找不到完美的解決方法