你没发现你这段代码根本运行不了吗，有报错的。
首先有关错误：
1，你想写在“box”原型上的study()函数格式就错了，导致this报错，应该是box.prototype.study = function(){return this.name;}
2，在修改完了问题1之后，第二行的prototype属性会报错，因为box不是函数（构造函数），而函数才有prototype属性，所以box没有prototype属性，因此在上面再添加name属性与study函数便会报错。
3，Box也不是构造函数，所以根本不能在上面new出对象，会直接报错。
其次你的结果：
1，上面第2点已说明，box没有prototype属性，所以alert(box.prototype)结果是undefined。
2，根据上面的第三点，box根本没有指向任何new出来的对象。所以也不会是Object，至于你的Object是怎么来的，我比较好奇。
另外，根据你的意图，我猜你是想将Box作为构造函数，并给其原型对象添加name属性与study方法吧，然后new出Box对象，看new出来的对象的prototype属性与constructor属性吧，如果是这样，正确的写法应该是：
function Box(){}
Box.prototype.name="xee";
Box.prototype.study= function(){

return this.name;

}
var box = new Box();
alert(box.prototype);
alert(box.constructor);
这样的话，box.constructor的值就是function Box(){}也就是构造函数了，当然也是Object

我想你还是好好看看js面向对面的文档吧，你的概念很模糊。
对象字面量没有prototype属性。对象字面量是工厂模式的写法。构造函数才能用prototype。

var box = function(){}
box.prototype.name = 'lame';
box.prototype.study = function(){
return this.name;
}
下面的
var box2 = new box()
其实只是实例化了一次box对象，所以也没有prototype。constructor指向box。

首先你要知道变量声明提升
var Box = {};
box.prototype.name = "xee";
box.prototype.study = {
return this.name;
}
var box = new Box();
执行过程其实是这样：
var Box = {};
var box=undefined;//box声明提升，取得undefined值。box也是一个对象，只不过现在为undefined
box.prototype.name = "xee";
box.prototype.study = {
return this.name;
}
重点来了！！！
var box = new Box();//重写了对象，Box对象里面是空的，没有其他属性；当然也没有继承
所以：alert(box.prototype); ->结果是Undefiled
而box指针此时不为空，所以alert(box.constructor); ->这个却是 Object