先存到数组，直接在p上出取对应的数组内容

$list = array();
while ($row = mysql_fetch_array($SQL))
{
$list[] = $row ['cover'];
}

<p class="container">
  <p class="rect big"></p>

  <p class="mid-container">
    <p class="rect"><?php echo isset($list[0])?$list[0]:'';?></p>
    <p class="rect"><?php echo isset($list[1])?$list[1]:'';?></p>
  </p>

  <p class="rect big"><?php echo isset($list[2])?$list[2]:'';?></p>
  <?php
    for($i=3;$i<count($list)&&$i<7;$i++){
   ?>
  <p class="rect"><?php echo $list[$i];?></p>
  <?php } ?>  
</p>

如果要代码少的话可以这样，可读性差些

<p class="container">

  <p class="rect big"></p>
  <p class="mid-container">
  <?php
    for($i=0;$i<count($list)&&$i<7;$i++){
   ?>
   <p class="rect<?php echo $i==2?' big':'';?>"><?php echo $list[$i];?></p>
  <?php echo $i==1||count($list)==1?'</p>':''; } ?>  
</p>