我遇到了和樓主遇到了同樣的問題，我是引用jquery的第三方插件jquery.mockjax.js，然後在main.js中調用require('./assets/jquery.mockjax.js')，出現$此時是undefined。

我是這樣解決的：
透過npm install的方式去安裝的jquery-mockjax，此時發現可以用了，$也有定義了。

然後我嘗試了找了一下兩者的不同：
首先透過npm install安裝的jquery-mockjax 的源碼和我之前直接引入的js檔案是相同的。

(function(root, factory) {
    'use strict';
    console.log(arguments);
    console.log('root', root);
    // AMDJS module definition
    if ( typeof define === 'function' && define.amd && define.amd.jQuery ) {
        console.log('this is in amdjs module definition');
        define(['jquery'], function($) {
            return factory($, root);
        });

    // CommonJS module definition
    } else if ( typeof exports === 'object' && module.exports) {
        console.log('this is CommonJs module definition');

        // NOTE: To use Mockjax as a Node module you MUST provide the factory with
        // a valid version of jQuery and a window object (the global scope):
        // var mockjax = require('jquery.mockjax')(jQuery, window);

        module.exports = factory;

    // Global jQuery in web browsers
    } else {
        console.log('this is global jquery in web browsers');
        return factory(root.jQuery || root.$, root);
    }
}(this, function($, window) {
    'use strict';

這是原始碼部分，採用UMD的方式。

方式一：
透過require('./assets/jquery.mockjax.js')的方式去引入该文件，webpack编译后的代码是直接进入第三个判断分支进行判断，直接调用了该工厂函数，webpack在处理的时候this传入的是modules.exports对象，此时module.exports对象是找不到jquery的，因此报错。尝试将源码中的this改为global后，是可以解决的。网上也提供了不修改源码，通过imports-loader的方式将this赋值为window。require('import-loader?this=>window!./assets/jquery.mockjax.js')
方式二：
通过require('jquery-mockjax')的方式去引入該文件，webpack編譯後的程式碼是直接進入第三個判斷分支進行判斷，直接呼叫了該工廠函數，webpack在處理的時候this傳入的是modules.exports對象，此時module.exports對像是找不到jquery的，因此報錯。嘗試將原始碼中的this改為global後，是可以解決的。網路上也提供了不修改原始碼，透過imports-loader的方式將this賦值為window。 require('import-loader?this=>window!./assets/jquery.mockjax.js')

透過require('jquery-mockjax')的方式引入，webpack編譯後的檔案直接進入第二個分支，透過閱讀編譯後的檔案發現webpack直接將第二個分支的判斷條件置為了true，也就是預設Commonjs的引入方式，這也就解釋了這種方式為什麼不會報錯的原因。

透過我的這個實例，希望能夠給樓主一些提示。如果樓主的jquery第三方插件也是UMD格式的，很有可能和我遇到的是一個錯誤。

先在package.json裡的dependencies加入"jquery" : "^2.2.3"，然後npm install

在webpack.base.conf.js裡加入

var webpack = require("webpack")

在module.exports的最後加入

plugins: [
    new webpack.optimize.CommonsChunkPlugin('common.js'),
    new webpack.ProvidePlugin({
        jQuery: "jquery",
        $: "jquery"
    })
]

然後一定要重新npm run dev

在main.js 引入就ok了import $ from 'jquery'

不是任何插件（尤其是舊的以前的那些插件）都可以import進來的，如果不行，而且npm也找不到這個插件的來源下載，只有兩種選擇：
1、在html那裡src進來

2、自己改造一下插件，export 暴露一下插件的方法

不能用jq的插件是因為引入jq的插件的時候，運行那個插件的js中的$還沒在vue全局定義，所以會找不到方法。現在我知道的有兩種方法：
（一）
1.在index.html中引入jq.js和jq插件的js
2.在webpack.base.conf.js中加入全域變數$，

externals: {
    jquery: 'window.$'
  }

3.在需要用到jq插件的元件中，require jq，var $ = require('jquery')即可。
（二）
1.在index.html中引入jq.js
2.在需要用到jq插件的元件中import插件的js，在require jq即可。

如果不行的話再跟我說

幹嘛這麼想不開用了vue還用jq。 。 。

這個外掛程式不符合任何模組化系統的規範，因此你透過import 取得不到對應的物件或外掛程式建構器，而這個外掛程式要求jQuery 是window 的屬性（全域變數），因此用模組化的方式也比較麻煩：

import $ from 'jquery'
global.$ = global.jQuery = $
require('path/to/jquery.particleground.js')

接著說不定就可以呼叫 $('#a').particleground() 了，只是說不定，沒親測

其實直接在 index.html 裡用 script 引入 jquery 和 這個外掛應該可以，如果有用 eslint，設定 global $