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1.根本的区别是它们遵循的基本原则 二者所遵循的基本原则是它们的主要区别：开放vs保守。SQL服务器的狭隘的，保守的存储引擎与MySQL服务器的可扩展，开放的存储引擎绝然不同。虽然你可以使用SQL服务器的Sybase引擎，但MySQL能够提供更多种的选择，如MyISAM, Heap, InnoDB, and Berkeley DB。MySQL不完全支持陌生的关键词，所以它比SQL服务器要少一些相关的数据库。同时，MySQL也缺乏一些存储程序的功能，比如MyISAM引擎联支持交换功能。
2.性能：先进的MySQL 纯粹就性能而言，MySQL是相当出色的，因为它包含一个缺省桌面格式MyISAM。MyISAM 数据库与磁盘非常地兼容而不占用过多的CPU和内存。MySQL可以运行于Windows系统而不会发生冲突，在UNIX或类似UNIX系统上运行则更好。你还可以通过使用64位处理器来获取额外的一些性能。因为MySQL在内部里很多时候都使用64位的整数处理。Yahoo!商业网站就使用MySQL作为后台数据库。 当提及软件的性能，SQL服务器的稳定性要比它的竞争对手强很多。但是，这些特性也要付出代价的。比如，必须增加额外复杂操作，磁盘存储，内存损耗等等。如果你的硬件和软件不能充分支持SQL服务器，我建议你最好选择其他如DBMS数据库，因为这样你会得到更好的结果。
3.发行费用：MySQL不全是免费，但很便宜 当提及发行的费用，这两个产品采用两种绝然不同的决策。对于SQL服务器，获取一个免费的开发费用最常的方式是购买微软的Office或者Visual Studio的费用。但是，如果你想用于商业产品的开发，你必须还要购买SQL Server Standard Edition。学校或非赢利的企业可以不考虑这一附加的费用。
4.安全功能 MySQL有一个用于改变数据的二进制日志。因为它是二进制，这一日志能够快速地从主机上复制数据到客户机上。即使服务器崩溃，这一二进制日志也会保持完整，而且复制的部分也不会受到损坏。 在SQL服务器中，你也可以记录SQL的有关查询，但这需要付出很高的代价。
5.安全性 这两个产品都有自己完整的安全机制。只要你遵循这些安全机制，一般程序都不会出现什么问题。这两者都使用缺省的IP端口，但是有时候很不幸，这些IP也会被一些黑客闯入。当然，你也可以自己设置这些IP端口。
6.恢复性:先进的SQL服务器 恢复性也是MySQL的一个特点，这主要表现在MyISAM配置中。这种方式有它固有的缺欠，如果你不慎损坏数据库，结果可能会导致所有的数据丢失。然而，对于SQL服务器而言就表现得很稳键。SQL服务器能够时刻监测数据交换点并能够把数据库损坏的过程保存下来。 零基础学MySQL数据库如何使用触发器如何创建联接表
7.根据需要决定你的选择 对于这两种数据库，如果非要让我说出到底哪一种更加出色，也许我会让你失望。以我的观点，任一对你的工作有帮助的数据库都是很好的数据库，没有哪一个数据库是绝对的出色，也没有哪一个数据库是绝对的差劲。我想要告诉你的是你应该多从你自己的需要出发，即你要完成什么样的任务？而不要单纯地从软件的功能出发。 如果你想建立一个.NET服务器体系，这一体系可以从多个不同平台访问数据，参与数据库的管理，那么你可以选用SQL服务器。如果你想建立一个第三方站点，这一站点可以从一些客户端读取数据，那么MySQL将是最好的选择
8.SQL-Server 2000/2005 是微软公司开发的中型数据库，它的可视化方面做得很好，在安全性等方 面功能非常强大，并且有微软的强大技术支持，当然价格比较昂贵，适合应用于中型系统。 MySQL是 MySQL·AB开发的小型数据库，基本上具有了数据库所需的所有功能，但是功能没有SQL-Server强大，技术支持也跟不上，但是价格便宜，在满足它的许可协议的情况下可以免费使用，适合于小型系统。 语言都是一样的(SQL)是结构化查询语言
9.mssql 是微软的那个 SQL Server，运行于windows 2000,2003等平台 mysql 是个开源的数据库Server,可运行在windows平台、unix/linux平台，其标准版是免费的,开源的。
比较： 1。MsSQL体积大，MySQL体积小。
2。MsSQL只能用在Windows下,MySQL是多平台的.
3。MsSQL要钱,MySQL免费的（windows下是收费的，但很少）。
4。MySQL是专为WEB数据库设计的，特点是响应速度特别快。MSSQL在这方面当然比不上。
5．稳定性上SQLServer要强于MySQL
6。SQLServer得到了众多厂商的支持,能获得众多语言的支持.各种驱动也很容易得到. SQL 和 MySql 同属于关系型数据库管理系统,是力求功能上的统一,所以它们有相同的基本功能 MsSql是微软的产品一贯傻大笨粗，性能也强大，图形界面使用很方便，象个傻瓜相机一样，不过，也太大了，很多不实用的东西。mysql虽然没有内置的图形用户界面，使用时需要记住大量命令。但是与同样开源的EMS SQL Manager 2005 Lite for MySQL和PHP Admin配合使用，这样决不会输给mssql。 共通之处就是大家都是使用的SQL语言（结构化查询语言）。大家要学好Sql语言啊
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