Java和C都是指令式語言（Imperative Language），不同的是Java有物件導向（OO）成分在裡面，而C是完全過程導向的，C的高級版本C 、C#支援物件導向。
另外一個不同是，Java跨平台，既不同的作業系統都可以透過JVM來解釋Java程序，而C、C 、C#則是與平台相關的，有些指令只在某些作業系統中才能執行。具體原因是，Java是解釋型語言，所有程式碼都會翻譯成統一的、與系統無關的bytecode，然後放到JVM上運行；而C是編譯式語言，程式碼要先透過編譯器轉換成與系統相關的中間代碼，然後才能運行。
再一個不同是，Java不支援系統調用，既無法與作業系統進行交互，這是由它跨平台的特點決定的，而C則可以調用系統中的指令，如fork() 。這也就是為什麼Java中只有執行緒（Thread）概念而沒有進程（Process）概念，而C兩者都有。
再者，Java無法對記憶體進行控制，而C則可以透過指針對記憶體進行人為分配。
還有一點，Java有Gabbage Collection機制，可以自動回收不再使用的空間，而C則要用free()函數釋放空間。
總的來說，Java比較容易上手，學得快，但對於了解程式語言來說幫助不如C大。
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