问题1：
并不是空的， prototype是一个对象，他也有自己的原型链
问题2：
当Cat.prototype = new Animal()执行后，cat1继承的就是animal对象了，cat1本身有color和name属性，cat1的原型有animal属性，并不是，并不是题主所说的三个属性在一个对象中。因此当访问cat1的属性时，如果这个属性在cat1中，就直接得到，不在的话，从原型链对象中获取，直到找到这个属性为止()，或者直到顶层也没有找到，就返回undefined;

-----------------附上我前几天自己总结的，一起学习，

基于__proto__属性的原型链继承

javascript每个对象都有原型，是通过一个叫做__proto__属性来连接起来的，这个属性是每个对象都有的(包括函数)，最顶层的为Object.prototype（更严谨地说，应该是图中的null,不过，这不是重点），从整体上来看，倒像是一棵以Object.prototype对象为根的"原型链树"。大致长这样：

（不要觉得javascript的原型链很深很复杂，其实事实上，一般原型链也就几层子，因为层数多了，效率就低，同时也难以维护（因为过于复杂），所以对于这棵树，更多的是拓展宽度，而不是高度）

note: 更准确的说，应该称之为"原型链森林"，因为我们可以更改一个对象的__proto__属性值(尽管ES5中不建议这么做)，不一定最终指向Object.prototype。

• 现在我们知道，所有普通的原型链一般最终会指向内置的Object.prototype，显然，这个Object.prototype对象不就可以内置一些比较通用的功能吗，这样如：

  • .toString()

  • .valueOf()

  • .hasOwnProperty(...)

  • .isPrototypeOf(...)

prototype属性与原型链的关系

至此，更常见到的protoType属性没有提到，这个属性和原型链有什么关系呢。

先举个例子吧，富士康（类）生产苹果手机（实例化对象），富士康就要对它生产出来的手机负责，那么就有一个质量规范来针对于产品，同理，通过函数的构造调用来实例化一个或多个对象，那么这些新对象的原型链是不是应该由这个函数工厂来负责呢，既然如此，直觉的看，有两种方法可以让这些新对象加入到“原型链森林”的家族中。

1. 函数也是对象啊，那也有原型链，这简单，你原型链着谁我也链着谁，反正我是你生产出来的，不行的话，我链你也行啊。

2. 给函数一个属性，指向一个对象，用来规定通过该函数构造出来的新对象统统指向这个对象。（事实上，函数的prototype属性干的就是这个，同时，也意味着只有函数才有prototype属性）。

先来说说，为什么方法1不可以，首先，我们不是为了原型链而原型链，算了，还是直接看代码吧：(切换一下风格)

// IPone: 我要加入原型链家族，我不管，我不管 // FSK: 我虽然生产了你，但我有自己的属性 FSK.name = "fushikang"; // 名字--富士康 FSK.coordinate = "中国"；// 坐标--中国 FSK.productName = "IPone"; // 产品--IPone ... // FSK: 你看，很明显，我的属性与你的属性之间没有任何关系，你链着我没有任何用处， // 我给你指条明路，我有一个属性，叫做prototype, 你们都跟着它吧，这也是上头的意思。 // 哦，对了，如果某一天你忘了我，在你的上一层原型链上又一个constructor属性， // 通过它，你可以找到我。

( 切换回来 )
就这样，所有通过函数构造出来的对象(即通过new),统统指向函数的prototype属性指向的对象。

function myFun(){ ... } var a = new myFun(); console.log( a.__proto__ === myFun.prototype ); // true console.log( myFun ==== a.__proto__.constructor ); // true;

恬不知耻的推荐一下自己的文章：
http://zjy.name/archives/javascript-object-oriented-1.html
http://zjy.name/archives/javascript-object-oriented-2.html