之前没用过Swiper，专门去官网看了一下demo和API。

楼主的问题不是Swiper插件出现Bug，而是你在createSwiper()函数中，用一个局部变量"var swiper = Swiper()"去创建一个Swiper实例后，再次调用createSwiper()函数时，没有对之前创建的实例进行释放，从而出现问题。
刚才测试了一下，你的方法不清楚会不会造成内存泄漏，但是Pagination在"loop: true"时，会出现计算错误，导致你所谓的bug。

修改如下：

$(function() {
  $("button").click(function() {
    var index = $(this).index();
    var swiper;
    $("body").find('.wrap-container').eq(index).show().siblings('.wrap-container').hide();
    if(swiper !== undefined) {
        swiper.destroy();
    }
    swiper = createSwiper(1 + index);
  });
});

function createSwiper(index) {
  var swiper = new Swiper('.swiper' + index, {
    pagination: '.pagination' + index,
    paginationClickable: true,
    loop: true,
    paginationBulletRender: function(index, className) {
      return '<span class="' + className + '">' + (index + 1) + '</span>';
    }
  });
  return swiper;
}

======================
目测真的是Swiper插件本身存在的Bug，对同一个swiper重复进行初始化后，Pagination就无法使用了，楼主有空可以在官网那里反馈一下。
暂时想到一个解决方案是用两个全局变量来保存两个Swiper的初始化状态，然后根据对应的index和swiper状态来判断是否进行初始化，如果您有更好的解决方案，麻烦也告知一下，谢谢！

$(function(){
    var swiper1, swiper2;
    $("button").click(function(){
        var index = $(this).index();
         $("body").find('.wrap-container').eq(index).show().siblings('.wrap-container').hide();
         if(index === 0 && swiper1 === undefined) {
            swiper1 = createSwiper(1);
        } else if(index === 1 && swiper2 === undefined) {
            swiper2 = createSwiper(2);
        }
    });
});

function createSwiper(index){
    var swiper = new Swiper('.swiper'+index, {
        pagination: '.pagination'+index,
        paginationClickable: true,
        loop:true,
        paginationBulletRender: function (index, className) {
            return '<span class="' + className + '">'+(index+1)+'</span>';
        }
    });
    return swiper;
}

将
var swiper = new Swiper('.swiper-container',{

......

});
.swiper-container ： 这是class选择器
<p class="swiper-container" >
这里的swiper-container，是原生样式，所以不能改，你可以把这里换成
id="swiper-container-id"
<p class="swiper-container" id="swiper-container-id">
var swiper = new Swiper('.swiper-container-id',{

......(这就ok了)

});