新手来答一答。

app目前主要就两种方式，一种native APP(原生APP)，web APP(app基本只做了一个浏览器的角色，当然也可以提供一些网页无法写出的API)。
楼主说的主要是web app。
web APP大概也有两种模式吧，我目前常用的两种方式。
浏览器所访问的资源全部放在服务器上面，这样的好处是服务器更新了app端就更新了。

还有一种是访问app本地资源。
这种方式楼主对其有些误解，以为访问本地资源就需要把资源打包在客户端里面，一些HTML文件打包在客户端占用不了多少大小，其实是不会臃肿的。那为什么不打包在里面了？如果用打包的方式那调试一个代码就得打包一次客户端咯？如果想把用户APP中的某些资源更新一下还要升级客户端咯？ no no no。
其实那些资源是可以有很多种方式放进去的，APP启动的时候连接服务器，服务器给APP一个信息今天我有更新你把一些资源包（html,js，css）下过去,平时没事的时候不用下。这样也就说为什么别人可以离线使用，为啥拆解APP又找不到这些文件，原因是这些文件是程序启动后下载过去的。
另外楼主也问了API在本地能正常使用么？  这么说吧html页面中的js方法是可以访问 APP里面的原生代码的。这样说还有什么疑问没？

    

1. 是的。

2. 其实淘宝现在应该算是你说的第二种了。并非是直接套了一个webkit。
   app臃肿的主要原因是里面打包了很多框架的内容。

正常情况下，html和js，css这类静态文件都是在服务器上，现用现下载然后替换显示的。