首选免费的XSHELL。
Putty早就停止维护了，很多东西支持的很差。
SecureCRT收费的，还比较贵，请支持正版，不打算买的话。。。。
SSH Secure Shell Slient用过一次，不符合直觉，卸载了。。。。
多说一句，很多人坚持Putty，只是一种习惯。好用为王。Xshell有专门的软件包支持直接上传下载文件，很方便的。

如果没有版权洁癖的话，建议使用SecureCRT，功能非常强大，我用了好几年了，期间也换过PuTTY， Xshell， SSH Secure Shell Slient，但是感觉都不如SecureCRT强大。
SecureCRT界面很好看，而且我可以方便使用sz，rz命令和我的终端机之间互传文件。
我使用SecureCRT主要的配置如下：
1. Session Options --> Terminal 中将Anti-idle下的 Sending String选项打钩，并且在后面输入框中随意输入几个空格。用处是防止你在停止操作几分钟后操作会被断开，设置之后，每隔五分钟客户端会自动向服务器端发送几个空格，从而保活连接。
2. Session Options --> Terminal --> Emulation界面中，将Emulation下的Terminal下拉条选为Linux，并且勾选ANSI color，会让你的文件和文件夹显示Linux支持的各种颜色，很容易分辨
3. Session Options --> Terminal --> Appearance中，将Fonts下的Normal Font调整为Consolas 14pt， 下面的Character Encoding设置为UTF-8，防止出现中文乱码。
剩下的使用默认配置就好，然后我的操作界面如下：

xshell 比较好用。

直接在Linux下操作更好，亲非得以用Putty，

正如：“很多人坚持Putty，只是一种习惯”

Xshell4 + Xftp4

推荐免费的xshell
securecrt是收费的 破解的不敢用
putty也尽量从官方下载 不要轻易用所谓的中文版 已经报过类似的后门了

可以试下mobaxterm

http://cyberduck.io

putty很难用，Windows下确实没有特别好用的的SSH客户端

XShell，Linux下可以用Wine完美运行。不过在Linux下用Wine运行时不支持非UTF-8的SSH