电子商务网站的PHP源码分析批改

电子商务网站的PHP源码分析修改
请允许我先介绍一下我目前的知识水平：
我写过几千行的PHP代码，会PHP语法基础和面向对象的方式，没接触过框架，没做过OOP的PHP项目。
对C++较熟悉，会一点软件工程的知识。

现在要做一个PHP的电子商务网站，下载了OpenCart和中国的ecmall的源代码，在本地Apache上都可以跑通。我想在ecmall的代码上修改一下得到符合我的业务需求的电子商务网站，可是看到ecmall有1600多个php文件就虚了，尼玛这该怎么看啊。

时间不急，我可以边学边梳理，然后再修改它的代码。
我现在的思路是按照软件工程的方法把ecmall项目的代码按照设计的功能分类，画出类图，最后把功能、类、文件对应到一起。

写php一直在用notepad++，分析一个这个多文件的项目有什么好的工具吗？请大神们对我指点一下
------解决思路----------------------
可以利用反射来帮助分析呀
参考 http://bbs.csdn.net/topics/390836735