どうしてこんなことになったのか分かりません
これは Git とは関係ありません。問題は、User/your_name フォルダーに Git リポジトリを作成するのではなく、新しいフォルダーを作成する必要があることです。多くのソフトウェアはこのディレクトリ内の AppData 隠しフォルダーに構成を保存し、システムは HKCU レジストリなどもこのフォルダーに保存します。
それでも、.gitignore を使用してそれらのファイルを無視することもできます
もちろん、最終的には、ユーザーフォルダーにGitリポジトリを作成すべきではないからです
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これは Git とは関係ありません。問題は、User/your_name フォルダーに Git リポジトリを作成するのではなく、新しいフォルダーを作成する必要があることです。多くのソフトウェアはこのディレクトリ内の AppData 隠しフォルダーに構成を保存し、システムは HKCU レジストリなどもこのフォルダーに保存します。
それでも、.gitignore を使用してそれらのファイルを無視することもできます
もちろん、最終的には、ユーザーフォルダーにGitリポジトリを作成すべきではないからです