什么版本的MongoDB，什么引擎？
3.2以上的WT引擎可以使用Compact来释放空间，之前的版本无论是WT还是MMAPv1都只能通过重新同步复制集的方式释放空间。
问题是，生产环境一般来说没有必要释放，因为早晚还会占回来，而且空闲的空间反正也还会重用，如果不是真的缺那点空间，就别去释放了。
至于是不是停机的问题，不止是这个问题，大部分时候都应该考虑复制集来解决，多个结点并行运行就是为了不停机准备的，拿掉一个下来做维护不会有多大的问题，拿主结点的时候可能会有几秒钟不可写而已。

理论上说回收磁盘空间对性能不会有任何有益的影响。但是在3.0.6和3.0.7所使用的WiredTiger引擎上发生过一个bug，在大量删除文档时BTree会有错误的平衡从而导致性能严重下降。详细情况请参考JIRA Ticket SERVER-21063。