MongoDB 中的集合或嵌入式文档
是也乎,相关的专门思考

我是这么做的：

{
    'name': '苹果',
    'category1': '生鲜',
    'category2': '水果'
}

很容易查询和分级

如果内嵌文档 create/delete/update/ 操作较频繁的话，而且取数据时还有排序的要求，最多至三级比较好，不要内嵌太深。
我现在因为一些 collection 内嵌得太多，导致很多操作相当不方便，所以又得花很多功夫来把它们 extract 出来。
当然，如果你只是为了一次性存数据，对数据的操作以读为主，就不用考虑这么多。
像你提出来的课程文章分类，如果我没理解错需求的话，可不可以这样：

"_id"：
"name" : 
"category" : [ 
    {
        "_id" : 
        "name" : 
        "degree" :
    }, 
    {
        "_id" : 
        "name" : 
        "degree" :
    }, 
]

degree表示课程类别中的级数，这样一个文章在课程内的类别在读的时候按照 degree 来读取。例如，一篇文章为《牛顿第二定律》，它的课程分类为（物理->力）。那么就存为：

"_id"：
"name" : 
"category" : [ 
    {
        "_id" : 
        "name" : '物理'
        "degree" : 1
    }, 
    {
        "_id" : 
        "name" : '力'
        "degree" : 2
    }, 
]

读数据的时候按 category 的 degree 来 sort 即可。

这里其实还是一个设计权衡，和mongdb并没有什么太大关系，即便是mysql，一样需要思考这个问题！
个人感觉还是得从业务出发，思考一下所要分析的业务数据是否满足限制条件，例如说是否要求实时一致性还是满足最终一致性即可。

另一个层面，对于mongdb本身，它的内嵌文档和普通文档差别并不大，但是如果你索要增加的内嵌文档是一个频繁更改的，尤其是大小没有什么限制的话，还是用关联比较合适！

分类定义为一个嵌套文档 即可，因为你不会经常去更新它。

用引用吧.