リレーショナル データベースを使用する予定がある場合は、リレーショナル モデルを使用する必要があります。多くのリレーショナル データベース管理システムは JSON を処理できるようになりましたが、データを (デフォルトで) JSON として保存する必要があるという意味ではありません。

JSON を使用する良い例は、ソース データが JSON 形式で提供される場合です。これをリレーショナル データベースにそのままロードし、SQL を使用してステージング テーブルの JSON 形式から適切なリレーショナル形式に「解凍」できます。

パフォーマンスに関しては、変数が多すぎて有用な答えを得ることができません。有用な答えを得る唯一の方法は、自分に関連するデータとクエリを使用して自分の環境でテストすることです。