モデルとコントローラーは 2 つの別々の .js ファイルに記述する必要がありますか?

Modelはデータ操作メソッドの集合であり、ControllerはModelメソッドの呼び出しとViewへの応答を担当します
大規模プロジェクトの特徴として、データの流れが大きく複雑であり、Controller内にデータ操作メソッドが点在しています。 (結合) そのため、ページ データの操作を全体的に制御することができず、保守と再利用が困難です。現時点では、モデルはメソッドを公開するだけであり、コントローラーで対応するメソッドとパラメーターを呼び出すと、メソッドの内部に対応するデータが返されます。コントローラーに対して透過的です (デカップリング)。モデルの保守と再利用も簡単で、要求された URL も分離して個別に保守できます。

@kraaas がすでに回答していますので、これ以上言う必要はありません。

モデルとコントローラーが概念に到達するとき、それらが分割されているかどうかは問題ですか?コードが機械に読まれるとき、分割されているかどうかは問題ではありません。問題は、プログラムは機械が読むためではなく、人間が読むために書かれているということです。したがって、そのまま読むのが便利です。明らかに、別れることがより良い選択です。