chunk是指一个shard中，shard key上连续的一段。一个chunk中的数据在shard key上连续，但是在文件里就不一定存在哪里了。可以说是逻辑上的。官方文档里的解释中的两个链接讲了它在整个系统中怎么用的。（话说现在官方文档越来越丰富，组织得也越来越好了）

extent是数据文件里的连续的一段，算是实现细节了。跟chunk没有直接关系。如果你感兴趣，这个slides Understanding MongoDB Storage for Performance and Data Safety 不错。