我不知道具体是什么原因，不过我以前也遇到过类似的情况，有几点经验或许可以参考一下：

1. 不要用msys、cygwin上的git，用git官方提供的。因为cygwin这些上面的git以为是Linux环境，默认utf编码的，而Windows用的不是utf，这样add的时候就不会识别成Windows从而不会给你转码，导致乱码。

2. 出现编码问题，不要首先尝试去修改默认配置，而应该参考1

3. 不要将不同平台的git仓库直接复制过去。git自己已经做了很多兼容性的工作了，比如行尾。如果直接复制过去的话，git就没法修改行尾，然后你git status的时候，就会发现所有的文件都改变了。

嗯，重新用官方的git，默认的编码配置，估计就不会有问题了。

给你看我用 git bash 的配置吧，不知道哪一句的作用
commitencoding提交和保存在版本库里 log 的编码，如果你不知道保存在库实际的编码那就没办法了。
logoutputencoding 应该是交给shell时候使用的编码，如果不相同应该会进行转换。
gui.encoding 似乎是设置git bash 使用的编码，这个要和logoutputencoding，我都设置成utf-8了。

[i18n]
    commitencoding = utf-8
    logoutputencoding = utf-8
[gui]
    encoding = utf-8
[core]
    quotepath = false
[i18n "commit"]
    encoding = utf-8