最简单的，用git上传，git自带hooks，可以实现自动部署。
以前像题主一样干过，但多人协作很容易把项目搞乱。

感谢 @Cocbin 的提醒，据此仔细研究了Git的hook原理，然后根据我的项目做了以下事情：

首先，因为我是把项目部署在github网站上，所以不需要自己设置复杂的hook，而只要使用github自带的webhook就可以了。webhook会在你push到github时激发一个你设定的回调url，然后你在这个url里执行pull操作即可。

另外，在你的服务器上，不要使用开发者自己的ssh key来pull，而应该生成一个deploy key，放到github里面，这个key是不需要手动输入密码的，专用于从github pull内容下来，这样就彻底完成了自动部署。

我另外还看了Hudson和Jenkins，也都是很不错的工具，如果是做Java项目的话，应该是使用Jenkins，因为Hudson被Oracle收购之后，逐渐变得不再开放。但因为我的项目是php的，犯不着为了这个再装一套Java8，所以没有考虑，但其实也有专门的Jenkins for PHP，但对我来说感觉还是太重了，也许等以后项目再大一些的时候考虑使用吧。

以上就是一些心得，希望对有同样问题的同学有帮助。

---------- 这里是华丽丽的分界线 --------------------------

补充：

实际操作过程远比想象中复杂，以下是代码：

        $sReqData = file_get_contents('php://input');
        try {
            $payload = json_decode($sReqData);
        } catch (Exception $e) {
            exit(0);
        }

        if ($payload->ref === 'refs/heads/master') {
            exec('cd /var/www/your_repo; git pull;');
        }

这时候当有push上传时，github会回调，但问题是由于回调时用的是apache这个用户名，不是你ssh进去时用的那个用户名，所以你会发现apache这个用户名对于那个目录没有操作权限：
error: cannot open .git/FETCH_HEAD: Permission denied
所以你需要先把ssh_user加到apache组中：

usermod -a -G apache ssh_user

然后修改权限：

chmod -R g+w /var/www
chown -R ssh_user:apache /var/www
chmod -R g+s /var/www

之所以放在这个目录，是因为apache这个用户的缺省目录就是/var/www，当然你可以把它改到另外一个目录下，可能会更安全一些。

然后：

sudo -u apache git pull

它会在apache的.ssh文件夹下产生一个known_hosts文件，然后如果你是用的ssh方式，你还需要把上面生成的deploy key里的两个文件id_rsa和id_rsa.pub拷到.ssh文件夹里去。然后反复多执行几遍以下命令，确保不再报任何错误。然后就可以尝试从客户端push一个新版本上去，看是否可以自动部署成功了。

================ 国内版 =====================

因为Github的服务器不在国内，所以经常会造成无法push/pull的麻烦，所以考虑迁移到国内的git.oschina.net上。迁移过程不细述。只是有个别地方需要注意一下：

1. 关于webhooks的代码：

        $sReqData = $_POST['hook'];
        try {
            $payload = json_decode($sReqData);
            if ($payload->password === '这里是你的密码' && $payload->hook_name === 'push_hooks') {
                exec('cd /var/www/your_repo; git pull;');
            }
        } catch (Exception $e) {
            exit(0);
        }

1. 关键一步要执行，我被卡在这里找不到原因很久：

sudo -u apache git pull

git呀 都知道是版本控制

说一下我用过的办法：
1、首先你得有一个版本控制服务和rsync服务
2、从版本服务器迁出需要部署的稳定版本代码到一个临时文件夹
3、将rsync的服务端目录指定到临时文件夹
4、使用rsync命令将服务端目录同步到你的部署目录
5、写一个shell：update版本代码到临时文件夹（增量），对临时文件夹文件做一些更新操作（如果需要的话），rsync同步临时文件夹文件到部署目录（增量）

上述流程做完了之后，每次提交代码，只需要运行一次上述第5条的shell即可。
虽然有点麻烦，但比较有效，不喜勿喷。