clone的时候，可以指定深度，如下，为1即表示只克隆最近一次commit.

git clone git://xxoo --depth 1

使用 git rebase 可以修改提交历史。

比如合并前两个提交：http://stackoverflow.com/questions/59...

善用rebase，除了删除某些提交之外，还可以修改提交日志；拆分一次包含多个功能的提交；合并几个相同功能的提交，保持代码库历史整洁。

如果是java建立的web项目，加上 ssh 什么的加上，也不算太大啦。
或者你可以考虑把公共的 jar 都剥离出去，不要直接放在项目中。

.jar文件显然不属于你自己的前端代码，而属于第三方依赖，不应该放在代码库之中。建议在项目前期用脚本管理第三方依赖的版本，把这个.jar文件从代码库之中去掉。

git是可以改历史的
你试试先在本地把没用的历史合并 再强行push上去

.git 下是你的本地仓库，记录的是全部的 git commit 历史信息，
clone 的时候指定 depth 可以不下载过多的历史 commit 信息。

不过你的疑问似乎是发布的时候如何处理，
简单，发布的时候删掉 .git 目录即可。

使用git lfs
https://git-lfs.github.com/