问题1
gradle的解析顺序：rootproject 的setting.gradle,然后是rootproject的build.gradle,然后是各个subproject。所以project下的build.gradle会先于app下的build.gradle。
问题2
在build.gradle中，我们可以通过apply plugin: 引入插件，也可以通过 apply from .gradle引入其他gradle脚本中的函数定义或task等
问题3
你说的check，clean实际是task，一般hook我们指的是gradle的生命周期：

• 在解析setting.gradle之后，开始解析build.gradle之前，这里如果要干些事情（更改build.gradle校本内容），可以写在beforeEvaluate
  举个例子，我们将我们的一个subproject中的apply plugin改掉，原来是一个library工程，我们希望它被当作application处理：

    project.beforeEvaluate {
                // Change android plugin from `lib' to `application' dynamically
                // FIXME: Any better way without edit file?
    
                if (mBakBuildFile.exists()) {
                    // With `tidyUp', should not reach here
                    throw new Exception("Conflict buildFile, please delete file $mBakBuildFile or " +
                            "${project.buildFile}")
                }
    
                def text = project.buildFile.text.replaceAll(
                        'com\\.android\\.library', 'com.android.application')
                project.buildFile.renameTo(mBakBuildFile)
                project.buildFile.write(text)
            }

• 在所有build.gradle解析完成后，开始执行task之前，此时所有的脚本已经解析完成，task，plugins等所有信息可以获取，task的依赖关系也已经生成，如果此时需要做一些事情，可以写在afterEvaluate

project.afterEvaluate {
            // Set application id
            def manifest = new XmlParser().parse(project.android.sourceSets.main.manifestFile)
            project.android.defaultConfig.applicationId = manifest.@package
        }

• 每个task都可以定义doFirst，doLast，用于定义在此task执行之前或之后执行的代码

project.assemble.doLast {
                    println "assemble finish"
                }
project.assemble.doFirst {
                    println "assemble start"
                }

问题4
gradle基于的语言是groovy，也是一个编程框架：
官方文档：https://docs.gradle.org/current/dsl/
Android插件文档：https://github.com/google/android-gradle...
最后你应该从编程的角度来看gradle，通过查阅文档解决问题：http://m.blog.csdn.net/article/details?i...

我的观点是gradle的task有执行顺序，比如3个task，assemble,check,build。这3个task都有依赖项，按照gradle的执行顺序，先执行被依赖的，建议看gradle android plugin的官方文档以及gradle的文档

在AS看到的.gradle文件，其实应该算一种配置文件，所以并不能严格的说执行的顺序。其实我们只是在.gradle文件中配置了编译的流程（大部分常规流程如build、assemble等AS已经定义好了，这时候我们在.gradle配置其实就是这些流程task用到的参数，当然也可以自定义task，所有的gradle task都可以通过Gradle面板查看）。
回过头来说，我们在写gradle文件的时候，包括在sync with gradle的时候，其实只是在声明我们的编译任务而已，所以这时候会把所有的任务都声明出来，但并不表示在编译时就都会执行这些任务，具体执行哪些任务，是看任务之间的调用的。

同意 @有明 所说，.gradle文件并不遵循什么特定顺序，.gradle属于配置文件，大工程、子工程，大环境、子环境。执行时会有顺序，先环境后任务，这是基本规则。

推荐去看看《gradle for android》，网上有电子版，我大概一天内看完，基本对android-plugin有个清楚的认识

分享一篇很不错的gradle学习文章：http://blog.csdn.net/u0108184...