this指向Student{}类，这个你可以在superSay.call(this)上面加一行console.log(this)进行验证。

然后，我们看这个代码

Student.prototype = new People();

为了方便后面解释，我把这里的new People()创建的实例称为实例X。
由于superSay = Student.prototype.say，因为上面的Student.prototype = new People();，所以其中Student.prototype为实例X。
所以实际上superSay调用的是实例X的say，而并非People.prototype.say。

至于你为啥觉得是在调用People.prototype.say，主要还是原型链的问题。实例X是People类的一个实例，所以实例X的所有方法会从People类的原型链“继承”（用继承这个词，但是实际上JS的原型链和继承还是有些区别的）。所以实例X.say如果没有针对实例X重写say方法，那么实例X的say就和People.prototype.say等效。

另外，superSay.call(this)这个里面的call，只是改变了this的上下文而已。但是由于superSay即实例X.say，这个方法里根本没有this，所以this上下文的修改并不影响运行的结果。

这个问题在js中经常遇见

个人观点：先说下查找say方法的查找顺序吧：s——student.prototype——people.prototype——Object,找到则就绪，停止查找。结合你的代码，say只会查找到student.prototype。这里可以先把你的代码先改成这样就比较清晰：

    People.prototype.say = function () {
        console.log(123);
    }
    People.prototype.jiao = function () {
        console.log(456);
    }
    Student.prototype.say = function () {
          console.log(321)
    }

其他不变。此时s.say()——输出321，s.jiao()——输出456。然后再回到你的代码，因为你这是重写了sdudent.prototype.say方法所以会执行此段代码

    Student.prototype.say = function () {
        superSay.call(this);            // 为什么会是"hello"?
        alert("stu-hello");
    }

第一句superSay.call(this)，首先superSay是一个变量，变量类型是function，你可以在 var superSay = Student.prototype.say后面加上一段代码console.log(typeof supperSay)，于是你只是在调用这个函数，而这个变量储存的是Student.prototype.say。执行到var superSay = Student.prototype.say，其实这里赋值的是 People.prototype.say。这点在高程的166-167页有类似的。关于这点你可以再把你的代码这2段换成这样，其他不变。

    var superSay = Student.prototype.say;
    Student.prototype = new People();

此时调用superSay 会报错，因为此时执行到var superSay = Student.prototype.say时;student.prototype只有一个constructer属性没有say方法。然后回到你的代码此时People.prototype.say会赋值给superSay

综上第一句代码会输出hello，而你的call根本没什么用
第二句就不用说了。
关于this其实我也不是特别清楚。我原来还认为console.log(this)会输出S，结果输出student,还需继续学习。

把superSay构造函数中的this绑定为Student.prototype.

楼上扯这么多不怕楼主蒙圈吗

他程序里面stuSay指向的是function () {alert("hello");} 这个匿名函数对象，只要你不重新赋值stuSay，他一直就是指向这个函数对象，管你在什么地方调用，永远就是这么个结果，至于在函数体内部this指向谁，你看下犀牛书吧....

楼主把犀牛书函数部分看完就不会有这些问题了，至于楼上扯那么多，真别把楼主扯晕了