document.getElementById("alertMessageSel").style.display = "block";
document.getElementById("alertMessage").innerHTML = "两次输入手机号不一致！";
setTimeout(function () {
    document.getElementById("alertMessage").innerHTML = "";
    document.getElementById("alertMessageSel").style.display = "none";
}, 3000);

楼主的这个，点击显示弹框的时候，添加一个settimeout间隔三秒后，自动隐藏弹框或者remove弹框对应的结构

什么是阻塞机制
Js阻塞机制，跟Js引擎的单线程处理方式有关，每个window一个JS线程。所谓单线程，在某个特定的时刻只有特定的代码能够被执行，并阻塞其它的代码。
由于浏览器是事件驱动的（Event driven），因此浏览器中很多行为是异步（Asynchronized）的，很容易有事件被同时或者连续触发。当异步事件发生时，会创建事件并放入执行队列中，等待当前代码执行完成之后再执行这些代码，如鼠标点击事件发生、定时器触发事件发生、XMLHttpRequest完成回调这些事件，都会被放入执行队列中等待。
关于Js的阻塞机制，可以看下面一段代码，一般，我们会认为，这段代码会log出来0,1,2

for(var i=0;i<3;i++){

setTimeout(function(){
    console.log(i);
}, 10);

}
而实际上，这段代码log出来的结果是 3,3,3。这是js新手很容易遇到的问题，具体原因就是因为for循环的阻塞机制。在上面的代码中，setTimeout这个定时器需要等待for循环执行完成，而for循环执行完成了之后，i已经为3了，此时才开始执行setTimeout，因此console.log(i)会是3。
至于为什么i会是3，请回顾一下for循环的执行顺序，当i为2的时候，满足循环条件，执行代码块，然后i++，此时i为3，不满足循环条件，不执行代码块，循环停止。
对于for循环，记住，是在不满足条件的情况下停止循环，对于以上代码，可以看出，i=3的时候才不满足。
怎么解决事件阻塞
其实，阻塞作为js引擎的处理方式，我们最好不要想着解决“阻塞”，而是让我们想执行的代码，插入到“主线程”中。这么说比较不易理解，还是以上面的代码为例，直接上代码好了

for(var i=0;i<3;i++){

(function(i){
    setTimeout(function(){
        console.log(i);
    }, 10);
})(i)

再上面的代码中，我们加了一个立即执行的匿名函数，并且将for循环的i作为实参传入进去。这样，setTimeout就会被立即执行，而不会等待（这里小编不太了解细节，就不多说了，大概猜测为新开了一个临时的线程，立即执行匿名函数，然后再立即切换回来）。

为什么不用定时器呢