我遇到了和楼主遇到了同样的问题，我是引用jquery的第三方插件jquery.mockjax.js，然后在main.js中调用require('./assets/jquery.mockjax.js')，出现$此时是undefined。

我是这样解决的：
通过npm install的方式去安装的jquery-mockjax，此时发现可以用了，$也有定义了。

然后我尝试了找了一下两者的不同：
首先通过npm install安装的jquery-mockjax 的源码和我之前直接引入的js文件是相同的。

(function(root, factory) {
    'use strict';
    console.log(arguments);
    console.log('root', root);
    // AMDJS module definition
    if ( typeof define === 'function' && define.amd && define.amd.jQuery ) {
        console.log('this is in amdjs module definition');
        define(['jquery'], function($) {
            return factory($, root);
        });

    // CommonJS module definition
    } else if ( typeof exports === 'object' && module.exports) {
        console.log('this is CommonJs module definition');

        // NOTE: To use Mockjax as a Node module you MUST provide the factory with
        // a valid version of jQuery and a window object (the global scope):
        // var mockjax = require('jquery.mockjax')(jQuery, window);

        module.exports = factory;

    // Global jQuery in web browsers
    } else {
        console.log('this is global jquery in web browsers');
        return factory(root.jQuery || root.$, root);
    }
}(this, function($, window) {
    'use strict';

这是源码部分，采用UMD的方式。

方式一：
通过require('./assets/jquery.mockjax.js')的方式去引入该文件，webpack编译后的代码是直接进入第三个判断分支进行判断，直接调用了该工厂函数，webpack在处理的时候this传入的是modules.exports对象，此时module.exports对象是找不到jquery的，因此报错。尝试将源码中的this改为global后，是可以解决的。网上也提供了不修改源码，通过imports-loader的方式将this赋值为window。require('import-loader?this=>window!./assets/jquery.mockjax.js')
方式二：
通过require('jquery-mockjax')的方式引入，webpack编译后的文件直接进入第二个分支，通过阅读编译后的文件发现webpack直接将第二个分支的判断条件置为了true，也就是默认Commonjs的引入方式，这也就解释了这种方式为什么不会报错的原因。

通过我的这个实例，希望能够给楼主一些提示。如果楼主的jquery第三方插件也是UMD格式的，很有可能和我遇到的是一个错误。

但是一直有个疑问，webpack对npm包的编译和直接引入的js文件编译为什么会不同，官方文档中哪里解释了这一部分，一直没找到。也希望楼上的大神给予解答。

首先在package.json里的dependencies加入"jquery" : "^2.2.3"，然后npm install

在webpack.base.conf.js里加入

var webpack = require("webpack")

在module.exports的最后加入

plugins: [
    new webpack.optimize.CommonsChunkPlugin('common.js'),
    new webpack.ProvidePlugin({
        jQuery: "jquery",
        $: "jquery"
    })
]

然后一定要重新npm run dev

在main.js 引入就ok了import $ from 'jquery'

不是任何插件（尤其是旧的以前的那些插件）都可以import进来的，如果不行，而且npm也找不到这个插件的源下载，只有两种选择：
1、在html那里src进来

2、自己改造一下插件，export 暴露一下插件的方法

不能用jq的插件是因为引入jq的插件的时候，运行那个插件的js中的$还没在vue全局中定义，所以会找不到方法。现在我知道的有两种方法：
（一）
1.在index.html中引入jq.js和jq插件的js
2.在webpack.base.conf.js中加入全局变量$，

externals: {
    jquery: 'window.$'
  }

3.在需要用到jq插件的组件中，require jq，var $ = require('jquery')即可。
（二）
1.在index.html中引入jq.js
2.在需要用到jq插件的组件中import插件的js，在require jq即可。

如果不行的话再和我说

干嘛这么想不开用了vue还用jq。。。

这个插件不符合任何模块化系统的规范，因此你通过 import 获取不到相应的对象或插件构造器，并且这个插件要求 jQuery 是 window 的属性（全局变量），因此用模块化的方式也比较麻烦：

import $ from 'jquery'
global.$ = global.jQuery = $
require('path/to/jquery.particleground.js')

然后说不定就可以调用 $('#a').particleground() 了，只是说不定，没亲测

其实直接在 index.html 里用 script 引入 jquery 和 这个插件应该可以，如果有用 eslint，设置 global $